Die FBI-Agentin Olivia Dunham hat es sich zur Aufgabe gemacht, immer häufiger auftauchenden Fällen mit myteriösen Hintergründen nachzugehen. Hilfe bekommt sie von Dr. Bishop, einem Wissenschaftler, der seit über 20 Jahren in einer geschlossenen Psychiatrie sitzt und auf der Kante zum endgültigen Wahnsinn steht. Da der Umgang mit Dr. Bishop nicht einfach ist, wird Olivia von Bishops Sohn Peter unterstützt.